גם במסגרת הטיפולית נמצא האבחון הכירולוגי כרב ערך בכל שלב של הטיפול, כיוון שהוא פורש את תמונת האדם הפנימית מכמה היבטים (הרגשי, המנטאלי, כוחות האגו). הוא אף עשוי לנבא כללית את יכולת השינוי של האדם ועל כן את סיכויי הטיפול להבאת שינוי זה.